ICS35.240.50 CCS N 61
GB
中华人民共和国国家标准
GB/T42580—2023
智能实验室 微生物质谱鉴定平台 Intelligent laboratoryMicrobial identification platform with mass spectrometry
2023-12-01实施
2023-05-23发布
国家市场监督管理总局国家标准化管理委员会
发布 GB/T42580—2023
目 次
前言 1 范围 2 规范性引用文件 3
术语和定义缩略语通用要求 5.1 总则 5.2 工作流程 5.3 图谱库通用要求 5.4 图谱建库规则及要求 5.5 用户私有库要求
A
5
6运营保障及管理要求
6.1 运营保障要求 6.2 管理要求附录A（资料性） 匹配鉴定结果示例… A.1 可信度 A.2 鉴定结果名称 A.3 鉴定结果对比 A.4 警告附录B（规范性） 样本文件格式 B.1 样本文件格式 B.2 样本文件的内容· B.3 样本文件格式示例.. 参考文献
11
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13
13 13 13 14 GB/T42580—2023
前言
本文件按照GB/T1.1一2020《标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。
请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由中国机械工业联合会提出。 本文件由全国实验室仪器及设备标准化技术委员会（SAC/TC526)归口。 本文件起草单位：北京鑫汇普瑞科技发展有限公司、机械工业仪器仪表综合技术经济研究所、秦皇
岛海关技术中心、广州莱伯世开科技有限公司、北京鑫汇迈科生物科技有限公司、北京毅新博创生物科技有限公司、北京理工大学、广州未信仪器股份有限公司、浙江泰林生命科学有限公司、之江实验室北京奥特美克科技股份有限公司、北京工业大学、北京东西分析仪器有限公司、厦门金诺花生物技术有限公司、融智生物科技（青岛）有限公司、山东英盛生物技术有限公司。
本文件主要起草人：朱家强、刘利勤、张桂玲、卢铁林、曹蕊、钱云开、唐郡、何颖、马庆伟、沈志林、 徐伟、孔令琴、程阳、李磊、李振廷、李永、吴玉晓、高利艳、刘洪涛、李运涛、郭启雷。
I GB/T42580—2023
智能实验室 微生物质谱鉴定平台
1范围
本文件规定了智能实验室中微生物质谱鉴定平台的通用要求、运营保障及管理要求。 本文件适用于智能实验室中微生物质谱鉴定平台的设计、建设、运营与维护。
2 规范性引用文件
下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。
GB4789.28一2013食品安全国家标准食品微生物学检验培养基和试剂的质量要求 GB/T22239—2019 信息安全技术网络安全等级保护基本要求 GB/T32400—2015 信息技术云计算概览与词汇 GB/T336822017 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴别微生物方法通则
3
：术语和定义
GB/T32400一2015和GB/T33682一2017界定的以及下列术语和定义适用于本文件。
3.1
鉴定报告 identification report 样本通过与数据库中的数据进行比对后，得出的包含了样本所在的种属名称、图谱比对情况等信息
的数据或文件 3.2
质控菌株 qualitycontrolstrain 用于校准飞行时间质谱仪的菌株。
3.3
智能实验室 intelligent laboratory 应用信息和通信技术，通过信息管理系统等系统对实验室活动进行智能化管理的实验室。 ［来源：GB/T40343—2021,3.1]
3.4
微生物质谱鉴定平台 microbial identificationplatform with mass spectrometry 通过网络传输的方式将肽质量指纹图谱样本文件中的数据进行比对鉴定，再将鉴定得到的生物学
分类结论回传实验室信息管理系统（3.5）或出具鉴定报告（3.1)的软件平台
注：肽质量指纹图谱样本文件来自于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS)采集。
3.5
实验室信息管理系统 laboratoryinformationmanagementsystem 通过获取、分析、报告、存储等手段，对实验室活动数据进行管理的计算机系统。 注：本文件中用数据表示实验室内的所有结构化和非结构化数据和信息，而非仅指试验数据。
1 GB/T42580—2023
［来源:GB/T40343—2021,3.3]
4缩略语
下列缩略语适用于本文件。 API：应用程序编程接口（ApplicationProgrammingInterface） App：应用程序（Application） LIMS：实验室信息管理系统（LaboratoryInformationManagementSystem） Web：全球广城网（WorldWideWeb)
5通用要求
5.1 总则 5.1.1 平台组成结构
微生物质谱鉴定平台组成结构通常分为三层，见图1。其中应用层通过客户端分为运行在本地的 MALDI-TOFMS鉴定系统、Web线上鉴定系统及App查询分析系统，实现用户与平台间的交互与结果展示。服务层实现平台鉴定服务及数据分析处理功能，通过API为应用层提供结果数据，分为用户管理中心及平台管理中心两部分。数据层实现对标准图谱库和用户私有库的图谱建库功能，通过接口方式与服务层实现数据交互
MA1.DI-1OF MS
App询分析
Web线上监定
应用层
鉴定系统
系统
系统
样本管单模块： 羊
外
服务会
户信息管
定
期么漠块
用户管理中心
平合管理中心
数据层
标准阁谱库
用户私有库
图1微生物质谱鉴定平台组成结构
5.1.2功能
微生物质谱鉴定平台根据目的分类，可包含： a） 标准图谱数据库及用户私有库管理功能； b) 用户终端或系统上传样品图谱，建立比对业务流程； c) 平台通过Web应用系统将比对报告反馈给使用者； d) 用户比对结果数据，通过自有报告发布系统将比对报告反馈给使用者。
2 GB/T 42580—2023
5.2工作流程
5.2.1微生物质谱鉴定平台与LIMS应按统一的数据格式和接口进行通信。 5.2.2微生物质谱鉴定平台应设置接收报告和警告信息的接口地址，用于微生物质谱鉴定平台与其他系统或设备间进行通信。用户通过在微生物质谱鉴定平台上输入样品的唯一编号，平台将编号、图谱文件名称、鉴定结果、鉴定时间等信息发送至配置的接口地址便于其他系统调用。通过登陆认证 LIMS，可实现鉴定样本文件/数据的上传，微生物质谱鉴定平台完成鉴定匹配，通过认证数据流及会话口令，将结果报告/数据回传LIMS或智能实验室其他信息系统。微生物质谱鉴定平台可按用户需求选取合适的样本文件/数据获取方式，MALDI-TOFMS、LIMS与微生物质谱鉴定平台间的工作流程参见图2。微生物质谱鉴定平台匹配结果示例见附录A。
1.IMS
微生物质谱鉴定平台
MAI.II-TOF MS
1 1
获取样本文件/数据
登录认证认证数据流及会话口令
- 1 .
获取样本文件/数据采集的样本文件/数据
-
鉴定样本文件/数据
1
结果报告/数据
/
1 1
1 1 图2微生物质谱鉴定平台的工作流程图
5.3图谱库通用要求 5.3.1概述
微生物质谱鉴定平台中的标准图谱库主要包含两类数据库分别为微生物肽质量指纹图谱数据库
和比对用样品图谱数据库，具体如下。
a) 微生物肽质量指纹图谱数据库存于微生物质谱平台内，是微生物质谱鉴定平台为鉴定使用的
基础数据库。
b) 比对用样品图谱数据库是为智能实验室或LIMS等系统使用的数据库，该数据库是在样品图
谱上传微生物质谱鉴定平台请求鉴定服务时生成的。
微生物质谱鉴定平台图谱数据库采用统一的数据结构与表结构，通过规范化的唯一标识便于图谱
数据库进行功能构建与数据调用。微生物质谱鉴定平台的数据库关系及表结构，见图3。
3 GB/T42580—2023
UserCCS[用户私有图谱表] PKid[用户图谱标识]
CCS[指纹图谱信息衣] id[图谱标识 name[ [图谱命名] code「图谱编码]
CCS_Type「图谱分类信息表 PK id[图谱分类标识]
name【图谱命名] code［图谱编码] typc_id[图谱分类标识] penak_data【图谱峰数据] peak_count[峰总个数】 userid[所属用户标识
name【分类名称]
FK1 typc_id［图谱分类标识
peak_data［图谱峰数据] peak_count[峰总个数]
Sample_CCs[样本图谱关联表] PK id[关联标识] FK2 samplc_id[样本标识] FK1 ccs_id[图谐标识]
Seample_User_CCs［用户图谱样本关联表] PK id[关联标识 FK1 Sampleid[样本标识] FK2 user_ccs_id［用户图谱标识
Sample[样木信息表] PK id[样本标识]
sample_nane[样本名称] device[采集设备] rile_type[样本文件类型]
Identify_Report[鉴定报告表] PK id[报告标识] FK1 sample_id［样本标识]
[dentify_Result【鉴定结果表] PK id[结果标训] FK1 sample_id[样本标识]
sarplc_namc[样本名称] device［采集设备」 en_nane 【结果菌种拉丁命名 cn name [结果菌种中文命名
ern_tname【结果菌种拉丁命名 cn name[结果菌种中文命名
图3微生物质谱鉴定平台数据库关系及表结构图
5.3.2微生物肽质量指纹图谱数据库
微生物肽质量指纹图谱数据库包含指纹图谱信息表和图谱分类信息表，具体见表1和表2。
表1指纹图谱信息表
字段名称
字段长度
字段作用
字段类型
id name code type_id peak_data peak_count
自动生成 100 50 自动生成 max 10
图谱标识图谱命名图谱编码图谱分类标识图谱峰数据峰总个数
uniqueidentifier varchar varchar uniqueidentifier varchar int
4 GB/T42580—2023
表 2 图谱分类信息表
字段名称
字段类型
字段长度
字段作用
自动生成 100
图谱分类标识分类名称
id name
uniqueidentifier varchar
5.3.3 比对用样品数据库 5.3.3.1 概述
平台提供的鉴定服务基于肽质量指纹图谱数据库，微生物质谱鉴定平台与智能实验室设备终端或 LIMS系统之间数据交互流程包括：接收比对图谱、回传比对结果和用户私有库数据上传 5.3.3.2 接收比对图谱
由智能实验室设备终端或LIMS系统接收需比对的样品图谱，应先在鉴定平台创建比对样品记录，通过比对平台图谱数据库或用户私有库得出比对结论，该流程的样本信息见表3。
表3 样本信息表
字段名称
字段类型
字段长度
字段作用
id sample_name device file_type
自动生成 100 50 10
样本标识样本名称采集设备样本文件类型
uniqueidentifier varchar varchar varchar
5.3.3.3 回传比对结果
微生物质谱鉴定平台完成比对任务后会生成两种数据，包括图谱匹配比对结果与图谱鉴定报告。 在与LIMS或智能实验室其他信息管理系统进行数据交互时，微生物质谱鉴定平台应根据交互需求完成数据回传，回传的图谱比对鉴定结果数据见表4。
表4 鉴定结果表
字段名称
字段类型
字段作用
字段长度
自动生成自动生成 100 100
结果标识样本标识结果菌种拉丁命名结果菌种中文命名
id sample_id en_name cn_name
uniqueidentifier uniqueidentifier varchar varchar
图谱鉴定报告回传数据，数据内容见表5。
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