本书分十三个部分：传记、道派、道论、训诰、语录、仙经、丹诀、道术、诗歌、古文、显迹、题赞、遗迹。从“道论”到“道术”这六部分是全书核心，依道家“穷理、尽性、了命”的修炼次序而编排。“道论”收录了《大道论》、《玄机直讲》、《注九皇丹经龙虎铅汞论》、《注吕祖〈百字碑〉》、《道言浅近说》，是“穷理”部分，使读者对修道的“理”有所认识，可称为“穷理明道”。读得遍数多了，理法自明。三丰丹法，自古视之为魏伯阳、张伯端一脉真传。