简明生物信息学
作　者： 林昊，郭锋彪，王栋 编
出版时间：2014
内容简介
《简明生物信息学》主要内容包括：基因芯片数据分析、免疫信息学、蛋白质信息学、基因组信息学、密码子与DNA序列信息、序列比对与分子进化等。
目录
第一章 绪论
第一节 基本概念
第二节 生物信息学的发展
第三节 研究任务
第四节 章节安排

第二章 序列比对与分子进化
第一节 相似性得分系统
一、基本概念
一、序列的相似性
三、序列比对得分矩阵
第二节 序列比对方法
一、点阵法
一、动态规划法
三、序列比对工具
第三节 数据库搜索
一、FASTA
一、BLAST_
第四节 分子系统发生分析
一、分子钟学说与中性进化理论
一、进化距离
三、系统发生树构建方法
第五节 系统发生树构建软件使用
一、PHYLIP使用
一、MEGA使用

第三章 密码子与DNA序列信息
第一节 遗传密码的稳定性
一、四碱基的DNA序列
一、遗传密码的简并规则
三、氨基酸的不可替代性
第二节 DNA的短程关联和长程关联
一、DNA序列的短程关联
一、DNA序列的谱分析与长程关联
三、DNA序列阅读框架的非均匀性
第三节 DNA的数学表示
一、DNA序列的混沌图示法
一、DNA序列的算术描述

第四章 基因组信息学
第一节 基因预测
一、真核基因预测
一、原核基因预测
三、病毒基因预测
四、元基因组的基因预测
五、微生物基因组的重新注释
第二节 基因组的组成及结构的分析及预测
一、真核生物基因组的GC等值区及CpG岛
一、细菌的基因组岛及复制起始位点的预测
三、密码子使用策略分析
第三节 人类疾病相关基因的识别
一、人类疾病相关基因的识别
一、致病菌毒力基因与耐药基因的识别
三、人类重要疾病数据库
第四节 非编码RNA的预测
第五节 利用GO注释基因功能

第五章 蛋白质信息学
第一节 蛋白质数据库
一、Uniprot蛋白质序列数据库
一、PDB蛋白质结构数据库
第二节 蛋白质结构预测
一、蛋白质结构
一、蛋白质二级结构预测
三、蛋白质三级结构预测
四、蛋白质结构相关预测
第三节 蛋白质功能预测
……
第六章 基因芯片数据分析
第七章 免疫信息学