数字技术与应用
应用研究
Virus完整基因组上串联重复序列分布
Tobacco Vein Mottling
陈洪萍·杨纪青
潮北襄类
（襄类学院计算机系
441053)
摘要利用自端计算机程序提取并展示TobaccoVeinMotlingVirus完整基因如上事联重复序列分事特性，从而为有效利用事联重复序列
分事特性研究完整基因级的结构和功能，遗传和更异规牌提供完备，加仔的数据支撑。关键调：Tobaeeo Vein Mottling Virus
录优完全于图算法
激卫里分布特性
完整基固短
文章编号：1007-9416（2010)10-0074-01
中图分类号：0241
文献标识码：A
TheMicrosatelliteDistribution intheCompleteGenomesoftheTo-
bacco Vein Mottling
Virus
YANG JingQing CHENG HengPing
(Department of Computer Science of Xiangfan University,Xiangfan city Hubei Prov.441053,China)
Abstract,Whose distributien has been extracted and displsyed that microsatellite in the complete genomes of the Tobacco vein mottling Virus
Key Words,Tobaceo vein mottling Virus,Cemplete genomes,Mierosatellite distribution,Means of genetie algorithms;optimal complete subgraph
1材料和数据
Tobacco Vein Mottling Virus完整基因组(NC=001768.1)来自NCBI数据库[2)。 2方法和工具
采用MATLAB软件进行基因组序列的矩降变换，运用多元统计分析方法进行矩降元素统计计算13,编制适用于多种完整基因组序列的审联重复序列分布分析计算机程序，从而对Tobacco VeinMottling Virus 完整基因组序列提取微卫星在完整基因组序列上的分布特性，
对Tobacco Vein Mottling Virus完整基因组(NC-001768.1)碱基序列：
L=AAAATAAAACAA.
每一个碱基在L上的位由它的序号确定，例如：序列上第一个碱基T的位置由它在L上的序号1确定，第二个碱基G的位置由它在L上的序号2确定，依此类推。
我们定义与L相应的N(N=1,2、3、4、5、 6)一减基组序列，例如3-减基组序列：
M=AAA AAA AAT ATA TAA AAA AAA AAC ACA CAA....
每一个3-减基组在M上的位置由它的序号确定，例如：3一贼基组序列上第一个 3-贼基组AAA的位置由它在M上的序号1
确定，第二个3-减基组AAA的位置由它在 M上的序号2确定：依此类推，
对每一个贼基的数字代码（代号）我们如下定义：
2,C-3,G——4(1)
A--1,T-
定义每一个3一碱基组的数字代码（代号)
N-贼基组共有4N个不同表式，例如3-碱基组有AAA,AATAAC,AAG、ATA, ATT,ATC,ATG,ACA,ACT,ACC,ACG, AGA.AGT...等共43个不同表式。
3结果
计算机运行结果，完整、细仔地得到了每一个N-碱基组（N取1至6)在完整基因组序列上出现的次数和出现的位置，如式(3)、表1，
N-减基组在基因组上最大重复次数的数学模型模报表达式为：
P=9310exp(1.1N) 4结语
(3)
1.Tobacco Vein Mottling Virus完整基因组(NC-001768.1)上各种N-碱基组（N取1至6）最大的重复出现次数，随N按指数函数数减少，具体函数表达式为公式
N-减基组在基因组上最大重复次数及模型模拟(N=1，2，3，4，5.6) 表1
Table 1 Maximum Repetition And Model Simulation of the Nbase Group
支际最大重复次数模型最大重复次数
74
1-碳基组 3030
3031.3
数字技术与应用万方数据
2-碱基组
994 987.0
3-碱基组 314 321.3
4-贼基组
96 104.6
5-碱基组
35 34.1
6-碱基组
16 11.1
(3)。
2.各种N-减基组（N取1至6)重复出现次数由少到多排序的结果，重复出现次数
随序号增加。参考文献
[1]高焕，孔杰，串连重复序列的物种差异及其生物功能[J].动物学研究，2005.26(5).555564.
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MAet
microsatellite linkage map of the Japa
nese quail.Anim 195200.
Genet.2004,35(3):
作者简介，陈洪萍，，1957年生，汉表，实验师，
基金项目，本原列课题受潮北"十一五” 教学料学发展规刘项目资助，课题号： 2006B131.